Aby organizace získala v Itálii formální náboženské uznání, musí projít dvěma kroky. Prvním krokem je proces, v němž subjekt zastupující náboženské vyznání v Itálii na národní úrovni získá od ministerstva vnitra uznání jako právnická osoba. Po podání žádosti provede ministerstvo vnitra šetření kvalifikace žadatele, a po jejím přijetí jej zaregistruje jako uznané náboženské sdružení. Jakmile je tento proces ukončen a náboženské sdružení je uznáno ministerstvem vnitra, je možné učinit další krok a sjednat se státem smlouvu, tzv. Intesa. Jedná se o zvláštní dohodu se státem a je nejvyšší formou uznání náboženství. Scientologická církev nikdy neusilovala o získání náboženského uznání tímto postupem. Místo toho jsou její náboženské organizace v Itálii registrovány jako náboženské neziskové organizace.

Cíle a aktivity Scientologické církve byly nejvyšším soudem v Itálii uznány jako náboženské. Italský kasační soud (nejvyšší italský soudní orgán) vydal v říjnu 1997 přelomové rozhodnutí ve věci Bandera a další proti Itálii (č. 16835/97), v němž uznal Scientologii za náboženskou konfesi (což znamená, že má náboženský účel a vykonává náboženskou činnost). Soud analyzoval kritéria pro definici náboženství, zdůraznil povinnost vlády neomezovat náboženskou svobodu a dospěl k závěru, že Scientologie je náboženským vyznáním.

V únoru a srpnu 1998 ministr financí osvobodil scientologické církve od daní a označil je za „náboženská nezisková sdružení“.

Scientologická církev byla uznána jako náboženství také v mnoha dalších soudních a správních rozhodnutích v Itálii. Toto jednoznačné uznání náboženského vyznání uznal italský Nejvyšší soud v dalším rozhodnutí z roku 2001, v němž se opřel o četnou a doposud převažující judikaturu, která konstatuje, že scientologie je náboženským vyznáním.