V roce 1988 byla Scientologická církev v Portugalsku oficiálně uznána jako náboženská organizace. V roce 2001 byl v Portugalsku přijat nový zákon o náboženství, podle kterého musí některá náboženství, včetně Scientologie, požádat o oficiální registraci jako náboženské komunity. Dne 18. září 2007 byla Scientologická církev Portugalska opět oficiálně uznána jako náboženská organizace podle zákona o náboženství z roku 2001.